molview.org

MolView是什么网站?

MolView 是一个免费的在线化学分子查看与绘制网站，主要把分子结构、蛋白质和谱图数据做成可交互的 3D 可视化。

主要用途

• 画结构式：用内置的 sketcher 绘制小分子，支持 Lewis 结构式和反应式。
• 看 3D 模型：边画边同步显示 3D 结构，可切换球棍、棍状、范德华球、线框等表示方式。
• 查化合物数据：搜索 PubChem 等数据库，查看分子式、分子量、SMILES、InChI、CAS 号等信息。
• 看蛋白质：旧版应用集成 Jmol，可展示生物组装、链、二级结构、B-factor 等。
• 算与量：提供 MEP 表面、电荷、偶极矩、能量最小化，以及距离、角度、二面角测量。
• 导出：可下载 PNG 图像、MOL 文件和 JCAMP 谱图数据。

适合谁、什么场景用

• 学生：对照课本看分子立体形状，理解键角、手性、极性。
• 教师：课堂演示或嵌入网页，用 3D 模型讲结构。
• 化学/生物研究者：快速查化合物标识信息，或粗略查看蛋白结构。

版本选择

网站目前分新版和旧版：

• 新版：2024 年起开发，重做了绘制器和查看器，支持实时 3D 同步、多结构并排、反应式；部分高级功能需付费。
• 旧版：2012–2015 年的高中课余项目，已停止更新，只修关键 bug，但保留 Jmol 集成（如 MEP 表面），适合需要这些旧功能的用户。

需要快速画分子并看 3D，用新版；需要 Jmol 相关功能，进旧版。

MolView怎么绘制化学结构并同步查看3D模型?

MolView 的绘制与 3D 同步分两套入口：新版应用支持“边画边看 3D”，旧版应用主要做分子/蛋白查看与 Jmol 集成。

新版：绘制并实时同步 3D

进入 MolView 后选择 “Start using the new MolView!”。

• 用途：画小分子结构式，同时观察对应的 3D 模型。
• 场景：需要从零搭结构、比较多个候选结构、或画 Lewis 结构和反应式时用它。
• 关键操作：在 sketcher 里绘制时，3D 视图会同步更新；可以把多个结构并排显示，便于对照。
• 适用条件：希望“画完立刻看三维构型”的化学教学、自学和结构核对场景。

旧版：搜索数据库并查看 3D / 蛋白

选择 “Continue to old app” 进入旧版。

• 用途：从 PubChem 等化合物库检索分子，查看结构式、3D 模型和化学数据。
• 场景：已有目标分子名称或编号，不需要从零绘制，只想快速看 3D 和属性时用它。
• 关键操作：用搜索框查化合物；在 3D 面板切换 Ball and Stick、Stick、van der Waals、Wireframe 等表示方式，并可切换 GLmol、Jmol、ChemDoodle 引擎。
• 蛋白场景：旧版保留 Jmol 集成，可加载蛋白、显示生物组装、链表示（Ribbon、Cylinder and plate、C-alpha trace）、二级结构着色和 B-factor 管状表示。
• 计算与测量：旧版提供 MEP 表面、电荷、偶极、能量最小化，以及距离、角度、二面角测量。

导出与数据

• 新版：可导出结构式图片、3D 模型图片、MOL 文件，并查看分子式、分子量、氢键供体/受体、SMILES、InChI、InChIKey、CAS 号等化学数据。
• 旧版：可下载 PNG 图像和 JCAMP 数据，并标注 NIST 来源。

怎么选

新版页面还提供 “Start View tutorials”，不熟悉绘制流程时先看教程再动手。

MolView支持导入或导出哪些文件格式?

MolView 的导入导出能力分新旧两版，格式并不完全一样。

导出格式

• MOL 文件：结构数据，可下载后在其他化学软件里继续编辑。
• PNG 图片：可导出结构式图像和 3D 模型图像。
• JCAMP 数据：谱图相关数据，页面标注来源为 NIST。

导入与数据来源

MolView 主要通过搜索数据库取数据，而不是以“打开本地文件”为主：化合物来自 PubChem，谱图来自 NIST，蛋白结构支持 Jmol 集成。搜索结果可直接以结构式或 3D 模型呈现，并同步显示分子式、分子量、SMILES、InChI、InChIKey、CAS 号等化学数据。

新旧版的差别

新版（2024 年起）是重做的 sketcher 与 viewer，支持边画边同步 3D、多结构并排、Lewis 结构和反应式。旧版（2012–2015）已停止功能更新，只修关键 bug，但保留了 Jmol 集成，因此蛋白查看和 MEP 表面等功能仍在旧版里更完整。

选择建议

• 只要画小分子、导出 MOL 或结构图片：用新版。
• 需要蛋白查看、Jmol 相关高级功能：进旧版。
• 需要谱图数据：用 JCAMP 导出，注意数据来自 NIST 数据库。

如果要把结构放进论文或课件，导出 PNG 最直接；要继续做计算或建模，导出 MOL 更合适。

在MolView里如何查询化合物的光谱数据?

在 MolView 里查光谱数据，走的是“先查化合物，再看光谱”的路径，光谱本身不是独立的检索入口。

具体操作

1. 打开 MolView 后，用搜索框输入化合物名称、分子式、SMILES、InChI、CAS 号或 PubChem Compound ID 等标识进行检索。
2. 检索结果来自 PubChem Compounds 等化合物数据库，选中目标化合物后进入查看界面。
3. 在工具区找到 Spectroscopy（光谱） 一项，点击即可查看该化合物的光谱数据。
4. 页面还提供 Download JCAMP data，可以把光谱数据下载为 JCAMP 格式；同时标注了 NIST source，说明光谱来源指向 NIST。

使用时的注意点

• 光谱数据依附于化合物记录，所以查不到化合物就看不到光谱；检索时优先用 CAS 号、InChIKey 这类唯一标识，命中率更高。
• 如果搜的是蛋白质等大分子，MolView 的光谱功能并不适用，它主要面向小分子化合物。
• 想批量取数或做二次分析，直接用 Download JCAMP data 导出，比在网页上读数更方便。

适合谁用

例如需要快速核对某化合物红外或质谱信息、又不想在多个数据库之间跳转时，用 MolView 从结构直接切到光谱比较省事；做教学演示时，也可以一边显示 3D 结构一边展示对应光谱。

MolView的蛋白质查看功能怎么用?

MolView 的蛋白质查看功能主要保留在**旧版应用（Old app）**里，新版目前侧重小分子绘制与查看。

入口与操作

• 打开 MolView 后会看到提示弹窗，选择 Continue to old app（继续使用旧版）。
• 旧版集成了 Jmol，可加载蛋白质结构并做三维查看。
• 页面中的 Protein 区域提供显示选项，可切换：
  • Chain representation：Ribbon（带状）、Cylinder and plate（圆柱与片层）、C-alpha trace（Cα 轨迹）、B-factor tube（B 因子管状）
  • Bonds：显示化学键
  • Chain color scheme：按链着色，可选 Spectrum、Chain、Residue、Polarity、B-factor、Jmol
• Crystallography 区域可加载晶胞、2×2×2 或 1×3×3 超胞，适合看晶体堆积。
• 模型控制区可重置视角、切换表示方式（Ball and Stick、Stick、van der Waals、Spheres、Wireframe、Line）和背景色，并切换渲染引擎 GLmol、Jmol、ChemDoodle。

适用场景

• 教学演示：用 Ribbon 或 C-alpha trace 讲二级结构和链走向。
• 结构分析：用 B-factor 着色或 B-factor tube 观察柔性区域。
• 晶体相关：加载晶胞和超胞，观察分子在晶格中的排布。

选择建议

如果只是快速看小分子、画结构式，用新版 MolView；要看蛋白质、做 Jmol 相关渲染（如 MEP 表面），进入旧版。旧版 2012–2015 年开发，目前只做关键修复，功能稳定但不再更新。

MolView的新版和旧版有什么区别?

MolView 目前把新版和旧版并列提供，核心区别是：新版是围绕“画分子、看分子”重新设计的编辑器，旧版更像一个偏蛋白质查看和 Jmol 功能的老工具。

新版：面向小分子绘制与查看

• 用途：绘制和查看小分子，边画边看 3D 结构，支持并排比较多个结构。
• 能画的内容：Lewis 结构式、反应式。
• 同步方式：草图与 3D 视图实时联动。
• 定位：为化学教育软件打的新基础，2024 年至今持续开发。
• 其他：部分高级功能需要付费支持后续开发。

旧版：保留 Jmol 集成的老应用

• 用途：蛋白质查看，以及依赖 Jmol 的功能，例如 MEP 表面。
• 状态：2012–2015 年作为高中课余项目开发，现已停止新增功能，只修关键 bug。
• 保留原因：继续提供 Jmol 集成能力，供仍需要这些功能的用户使用。

怎么选

• 要画结构式、反应式，或需要实时 3D 同步、多结构并排：用新版。
• 要查看蛋白质，或需要 Jmol 的 MEP 表面等功能：继续用旧版。

MolView 官方也提供了两者的详细对比页面，若你的用途介于两者之间，可以先看那份对比再决定。